Каждый микробный профиль сравнивается со средней популяцией в базе данных, собранной от участников научных исследований и краудфандинговых кампаний. Таким образом, анализируется, чем микроорганизмы отличаются от микроорганизмов здорового населения.
Bacteroides (бактероиды, род бактерий)
Bacteroides (лат. bacteroid) — род грамотрицательных анаэробных бактерий. Бактерии являются наиболее типичными нормальными обитателями кишечника человека и составляют около половины его микрофлоры. Бактериоиды представляют собой полиморфные, часто округлые палочки размером 1-3 x 0,5-0,8 мкм. Бактерии не образуют спор, но могут образовывать капсулы.
Из-за сложности анаэробного культивирования и, следовательно, высокой стоимости анализа, бактерии не выявляются во многих лабораториях (М.Д. Ардатская, О.Н. Минушкин). Бактероиды являются конкурентами шигеллы, сальмонеллы и некоторых видов крупных шерихий (Лобзин Ю.В. и др.).
Основными продуктами ферментации являются уксусная кислота, изокислота и кисло-сладкие кислоты.
Бактероиды — это нормальная микрофлора человека.
- Детям первого года жизни — 10 7 -10 8 КОЕ/г
- 10 9 -10 10 КОЕ/г Детям старше одного года
- 10 10 -10 11 КОЕ/г дети старшего возраста
Американская программа Human Microbiome Project (HMP) ученых и европейская программа Metagenomics of the Human Intestinal Tract (Metahit) придумали термин «интертонусы». Это устойчивая группа, основанная на микробном составе в генерации кишечника человека и не имеющая отношения к популяциям или континентам. Их исследования показали, что у взрослых доминировали представители рода Bacteroides1, Pribultera доминировала во втором типе, а haementeroma — в третьем. Однако четких критериев для выявления кишечника не существует. Кроме того, результаты различных исследований свидетельствуют о незначительном преобладании основного бактериального поколения в среде обитания организма (А.А. Кожевников и др.).
Бактериоиды и болезни человека
Бактерии человека могут вызывать различные гнойно-воспалительные заболевания, такие как перитонит, абсцессы, эпикардит, сепсис, миндалины и другие травмы, операции, инструментальные вмешательства, онкология или после иммунодефицита. Бактерии ответственны за более чем половину всех внутрибрюшных анаэробных инфекций.
Патогенные свойства Bacteroides Fragilis являются наиболее разработанными. Этот вид может вызывать внутрибрюшные инфекции, такие как перитонит, хронический язвенный колит, артрит, тубулит, болезнь Рейтера и хронический тонзиллит. Бактериоиды часто вызывают повреждение эндоцервикса, эндометрит, аденит и инфекции органов малого таза. Бактерии также обнаруживаются у пациентов с простатитом, хроническим осложненным уретритом у мужчин, а также у пациентов с упорными и часто рецидивирующими процессами заболевания.
Бактерии были связаны с раком толстой кишки, бактериальной цингой, воспалительными заболеваниями кишечника (ВЗК), диабетом, ожирением и неалкогольной жировой болезнью печени (НАЖБП). Бактериальный титр был сведен к болезни Крона (Карпеева Ю.С. и др.)
Ассоциация бактерий с вагинальной гарднереллой, Mobilincus является характерной чертой бактериального вагиноза.
Бактериальные инфекции лечат метронидазолом, тинидазолом, левомицетином, эритромицином и рифаксимином.
Тест Microbiota Genetics стоит 14900₽, но мы подготовили скидку для читателей Хабра. Используйте промокод HABRBIOME и закажите тест за 11610₽. Доставка по всей России.
Почему именно какашки
В настоящее время микробиота кишечника извлекается из образцов кала по всему миру. Это просто, безопасно и дешево. Тогда анализ микробиоты будет точным: мы сможем измерить соотношение семейств и родов бактерий. Однако картина будет характерна только для толстой кишки.
Изучение бактерий в тонком кишечнике является сложной задачей. Даже для диагностики заболеваний, например, синдрома избыточного роста бактерий, используются неинвазивные дыхательные тесты. Поэтому все данные о микробиоте на самом деле относятся к бактериям толстого кишечника.
Коробка для сбора биоматериала содержит пробирку, туалетную подушечку, шпатель, бристольские весы и инструкции. Специальное покрытие позволяет избежать контакта образца с унитазом, что делает анализ более точным.
Разные компании используют разные покрытия. Проект «Микробиом человека», например, предоставляет пользователям пластиковый контейнер, в который сразу же упаковывается образец. Мы считаем, что бумажная версия более экологична, безопасна и дешевле.
С помощью шпателя перенесите в пробирку количество материала размером с горошину. Затем его следует закрыть и хорошо перемешать. Раствор внутри пробирки — это стабилизатор ДНК, который предотвращает изменение генетического материала бактерии до того, как она попадет в лабораторию. Мы используем бактерицидный консервант, который убивает бактерии, но оставляет ДНК нетронутой.
Чтобы сделать результаты теста более точными, мы просим пользователя оценить свой образец кала по бристольской шкале. При этом учитываются форма и консистенция, которые в конечном итоге влияют на результат. Исследования показывают, что чем последовательнее образец, тем разнообразнее микробиом человека. А жидкий стул часто связан с плохим бактериальным составом.
Как проводится секвенирование
Фрагменты ДНК, принадлежащие специфическому гену 16S рРНК, выделяются из образца кала в лаборатории. РРНК — это рибосомальная РНК, и мы изучаем ген, который содержит информацию о ней.
Этот ген является одним из основных факторов при классификации бактерий и архей: мы используем его последовательность, чтобы определить, кто из них принадлежит к какому роду и семейству, и насколько близки бактерии друг к другу.
Ген 16S рРНК уникален тем, что в нем сочетаются консервативные и вариабельные области, позволяющие определить происхождение бактерий (классификация). Мы читаем нуклеотидную последовательность каждого такого фрагмента и выясняем, к какому роду и семейству принадлежит бактерия. Это можно сравнить с идентификацией региона по номеру автомобиля. Чем больше одинаковых фрагментов 16S рРНК в образце, тем выше процент принадлежности к определенной бактерии.
В результате мы получаем процентный состав с соотношением для каждого вида микроорганизмов. И количество видов микроорганизмов также определяет функцию микробной флоры. Например, если у вас много бактерий, которые производят масляную кислоту, значит, ваша микробиота хорошо справляется со своей работой.
Каждый микробный профиль сравнивается со средней популяцией в базе данных, собранной от участников научных исследований и краудфандинговых кампаний. Таким образом, анализируется, чем микроорганизмы отличаются от микроорганизмов здорового населения.
Что я получу
По составу бактерий вашего кишечника мы можем определить, как ваша микробиота справляется с переработкой клетчатки, синтезом олеиновой кислоты, производством витаминов, и насколько она отличается и похожа на микробиоту людей с заболеваниями.
多様
Это первая характеристика, с которой знакомы пользователи тестов. Разнообразие микрофлоры определяет, насколько стабильно бактериальное сообщество и насколько хорошо оно защищает от патогенов. Чем больше разнообразных бактерий живет в кишечнике, тем лучше чувствует себя человек и тем ниже риск развития воспаления. Это было доказано в ходе многих исследований.
К сожалению, трудно получить новые виды микроорганизмов, которых нет в результатах. Для рекомендаций, бактерии, которые изначально существуют ниже нашего порога (0,02%), могут расти. Однако это исключение.
Переработка волокна и синтез бутирата
Мы уже писали, что клетчатка в рационе снижает риск заболеваний и смерти от всех причин. Однако эффект от употребления клетчатки может быть снижен, если доля бактерий, перерабатывающих клетчатку, низка. В этом случае составьте список продуктов, употребление которых увеличивает долю таких бактерий.
Синтез бутирата зависит от того, насколько эффективно микроорганизмы перерабатывают клетчатку. Он поступает в эпителиальные клетки кишечника — колоноциты. При недостатке этой кислоты клетки не могут справиться с патогенными микроорганизмами, и кишечник становится более склонным к воспалению.
Микрофлора анализируется для определения количества бактерий, продуцирующих олеиновую кислоту, и дается соответствующая оценка. При дефиците этих микроорганизмов список рекомендуемых продуктов питания для исправления ситуации приведен в разделе
Пробиотические бактерии.
Известно, что некоторые виды бактерий приносят большую пользу человеку. Они помогают клеткам кишечника регулировать иммунитет, защищают от ожирения и вырабатывают бутират и другие важные метаболиты.
Доля этих микроорганизмов анализируется, и данные собираются в отдельном блоке. Там вы можете узнать больше о каждой пробиотической бактерии, функциях, которые она выполняет, и о том, что обычно встречается в здоровой популяции.
Если они есть в вашей микрофлоре, вы можете увеличить долю этих бактерий. Достаточно просто употреблять ферментированные продукты с живыми бактериями, квашеную капусту, комбучу (чайный гриб), некоторые виды клетчатки, в которой выращиваются эти микробы, или специальные пробиотические добавки.
Рекомендуется сначала проконсультироваться со специалистом по поводу приема добавок. Интересно, что пробиотические бактерии приносят пользу, даже если они не присутствуют в микрофлоре человека и проходят только через желудочно-кишечный тракт.
Защита от болезней
До сих пор не очень хорошо изучено, как бактерии влияют на болезни и как они взаимодействуют с лекарствами. Тем не менее, существуют доказательства того, что состав кишечных бактерий сильно отличается у больных людей. В нашей предыдущей статье мы подробно рассказали о том, что известно об этом на данный момент.
В этом исследовании микробиота сравнивается с микробиотой больных людей, чтобы оценить различия в профиле. Если ваша микробиота полностью отличается от микробиоты пациента, вам повезло, ваш риск, скорее всего, невелик. Если профили похожи, необходимо обратить внимание на здоровье организма и микробиоту кишечника.
Если по каким-то причинам пациент не может пройти эндоскопию, врач назначает клиническое обследование. Это может помочь диагностировать патологию желудочно-кишечного тракта, если это возможно.
Кишечные энтеротипы
Ученые выделяют три основных типа кишечных бактерий. По мнению одного доминирующего представителя вида, всех людей можно разделить на бактероидов, превитеранов, и чешуекрылых — энтеротипов.
Типы кишечника человека связаны с происхождением предков и образом жизни, включая пищевые привычки. По мнению ученых, они развились в результате адаптации к географическим условиям и наличию пищи.
У разных бактерий разный аппетит, и они делают все возможное, чтобы накормить нас именно тем, что им нужно. Состав нашей пищевой корзины зависит от бактерий, живущих в нашем кишечнике, и сигналов, которые они посылают в наш мозг.
В настоящее время предполагается, что питание по типу кишечника может значительно улучшить и поддержать оптимальный вес. Многие компании предлагают микробиологические исследования кишечника и соответствующие рекомендации по питанию.
Чтобы узнать больше о мире бактерий, посетите конференцию «Очаровательные бактерии». Он проходит с 24 по 30 сентября.
В конференции принимают участие более 30 экспертов со всего мира, включая врачей, диетологов и генетиков, чтобы объяснить невероятную роль, которую крошечные бактерии играют в здоровье.
